Las funciones no son nada si no se puede acceder a ellas con facilidad. Ésta es la razón por la que los controles de la D3S y la D3X tienen un tamaño ideal y unas funciones claras. La disposición mantiene la misma coherencia lógica de las D-SLR profesionales anteriores de Nikon, además de muchas mejoras, como la inclinación de 5 grados de los diales de control para poder girarlos de manera natural con el dedo índice, la inclinación de 5,5 grados del panel de control superior hacia los ojos, botones cuyos intervalos y formas se han diseñado ergonómicamente y un asa diseñado de tal forma que garantiza una sujeción cómoda y estable. Con la D3S, la ergonomía ha alcanzado una sofisticación aún mayor. Por ejemplo, el botón AF-ON de la D3S se ha rediseñado para ofrecer una respuesta más segura, mientras que el multiselector muestra una capacidad de funcionamiento más mejorada. Todas estas mejoras son el resultado de la dedicación de los diseñadores de Nikon a los detalles y a escuchar a los usuarios y a sus necesidades en el mundo real.